Crkva Svetog Jovana Krstitelja na Centralnom groblju ima relativno kratku istoriju. Prvi podaci koji nam govore o postojanju bogomolje na ovom mestu vezani su za 1948. godinu, od kada funkcioniše kapelica posvećena Svetom Jovanu Krstitelju, koja je bila smeštena u jednoj sobi grobljanske zgrade za sahranjivanje.
Potreba za izgradnjom crkve u ovom kraju javila se usled širenja grada i prenošenja velikog broja sahrana sa pretrpanog Novog na Centralno groblje. Uslovi za realizaciju ovog plana su se polako ostvarivali zauzimanjem Njegove Svetosti Patrijarha Germana, čijom je zaslugom 1968. godine cela grobljanska zgrada prešla u vlasništvo Srpske Pravoslavne Crkve, pošto je SO grada Beograda izgradila nove kapele za sahranjivanje. U periodu od tri godine, tadašnji starešina protojerej Gvozden Vidojević počeo je adaptaciju ovih prostorija, da bi se na kraju izgradnjom zvonika dobila lepa i funkcionalna parohijska i grobljanska crkva. Radovi su obuhvatali i proširenje trema crkve, izgradnju kancelarija za potrebe sveštenstva, prodavnice sveća i posebno prostranog predvorja za paljenje sveća. Završenu crkvu je o hramovnoj slavi 7. jula 1971. godine osvetio Episkop marčanski Danilo u prisustvu Patrijarha Germana.
BESEDA EPISKOPA
Važnost ove svetinje u kojoj se neprestano uznose molitve za spasenje svih upokojenih, na osobit način je istakao veliki besednik crkve, Episkop Hrizostom (Vojinović) u svojoj besedi prilikom osvećenja kapele, sledećim rečima: „Kada je u staro vreme car Solomon bio sazidao hram u Jerusalimu, on je pao na kolena, podigao ruke svoje nebu i rekao: „Gospode Bože, nebo i nebesa nad nebesima ne mogu te obuhvatiti, a kamo li ovaj hram koji Ti sazidah. Ali neka budu, Gospode, oči Tvoje otvorene nad hramom ovim danju i noću . Čuj molbe naroda svog koji će se moliti na ovom mestu; čuj i smiluj se! Dolaziće ovamo u crno zavijene žene i paliće sveće za duše onih čija tela leže oko ove kapele i kroz suze će se moliti da im olakšaš bol i da ih utešiš.
A Ti, Gospode, čuj i smiluj se! Podigni veru, ublaži tugu, okupaj u suzama ucveljenu dušu, olakšaj bol i daj da ožalošćeni izađe iz ove crkvice utešen, i ohrabren, i umiren. Svratiće možda u ovu kapelu neki nevoljnik i bednik koji se nije umeo među ljudima snaći, koga su svi odbacili i kome je život postao gorak i težak. Doći će ovamo i potužiće Ti se. A Ti, koji jedini svakog razumeš i žališ i voliš; čuj i smiluj se! Izbavi nevoljnoga i upravi ga na pravi put. Svratiće u ovu kapelicu i ljudi koji su posrnuli, koji su u životu gomilali bezakonje na bezakonje i greh na greh i očajno zapleli sebe. Doći će ovamo i potužiće se da ne mogu više da žive životom kojim su živeli i moliće se za pomoć da se izvuku iz blata u koje su zapali. A Ti, Gospode, čuj i smiluj se! Prihvati ih, razreši, očisti, uputi. Doći će ovamo i poneko ko ide pravim putem, koji čini dobro, a uzvraća mu se zlom, koji čini pravdu, a uzvraća mu se nepravdom, koji se trudi da nikome ne učini ništa nažao, a kome ipak ljudi zagorčavaju život i ne daju mu mira i pokoja. Doći će zbunjen i moliće se za pomoć i ohrabrenje. A Ti, Gospode, čuj i smiluj se! Daj snage pravedniku da izdrži na svome putu i da ne klone duhom, nego da ti dalje visoko drži zastavu dobra i pravde u ovom svetu zla i nepravde. Poneko od nas dopratiće možda ovamo hladno telo nekoga od svojih koga je više od svega voleo. Slomljen od tuge stajaće kraj kovčega i nemo će se moliti za spas duše umrlog i za umiranje svog ranjenog srca. A Ti, Gospode, čuj i smiluj se! Ojačaj još većma ljubav živih prema umrlima i daj da bol očisti dušu i oplemeni srce. Jednog dana doneće možda ovamo u mrtvačkom sanduku i nekoga od nas koji danas prisustvujemo osvećenju ove kapele. Ko zna da li će se tada naći neko oko koje će zaplakati za nama, ko zna da li će se čija molitva – sem sveštenikove – podići tada za nas. Zato se još sada molimo: Kad nam smrt bude zakucala na vrata, daj Gospode da je mirno primimo i kad stupimo na prag večnosti daj da nam ruke budu čiste od greha i duša puna ljubavi i mira. Te da Te i mi zajedno sa svima svetima i sa anđelima Tvojim dostojno slavimo – Oca i Sina i Svetoga Duha sada i uvek i kroz svu večnost- Amin.
IKONOSTAS
Prvobitni ikonostas, koji je posle ove crkve bio jedno vreme i u crkvi Sv. Marka, zamenjen je novim, izuzetno značajnim ikonostasom koji je izradio arhitekta, slikar i univerzitetski profesor Grigorije Samojlov. Izradio ga je u nemačkom zarobljeništvu, u logoru Badsulzi, za kapelu srpskih zarobljenika. Po oslobođenju je donet u Beograd i postavljen u kapelu Učiteljske škole „Kraljice Natalije“ u Beogradu, nakon čega je ubrzo preseljen u crkvu Svetog Jovana Krstitelja na Centralnom groblju.
Specifičnost ovog ikonostasa ogleda se u tome što odražava stanje u kome se srpski narod nalazio tokom Drugog svetskog rata. Spasiteljeva ikona na kojoj su mu ruke svezane konopcem odražava ropstvo Srba kao i ostalih pravoslavnih naroda, a na južnim dverima ispod odežde Svetog arhiđakona Stefana, uočavamo okovratnik srpske vojničke uniforme. Celokupan alat kojim je ikonostas izrađen u duborezu napravljen je od čeličnih otpadaka i konjskih potkovica, a drvena konstrukcija i podloga za ikone izrađena je od hrastovih železničkih pragova, nađenih pored železničkog koloseka. Grigorije Samojlov je ovim svojim delom želeo da pokaže Nemcima kulturno bogatstvo naroda koji su porobili. Ikonostas je pod zaštitom UNESKO-a. Stručnu obnovu i konzervaciju ovog ikonostasa patrijarh German je poverio iskusnom akademskom slikaru, protođakonu Marku Iliću 1976. godine.
Sveštenstvo ove crkve je aktivno na misionarskom planu još od 1967. godine kada je pri hramu osnovano Versko dobrotvorno starateljstvo, koje za cilj ima pobuđivanje naroda na revnosnije posete bogosluženjima, vršenje obreda, organizovanje predavanja, pokloničkih putovanja koja su i danas izuzetno posećena. Inače, crkvene vlasti su uvidele potrebu za osnivanjem posebnih organa među članovima crkvenih opština još 1932. godine kada je Versko dobrotvorno starateljstvo i osnovano u cilju očuvanja čiste vere, revnosnijeg pohađanja bogosluženja, ukazivanja pomoći bližnjima i afirmaciji svih ostalih hrišćanskih vrlina. Formirane su i razne sekcije – haritativna, opšta, pravna, sekcija zanatlija koja je nudila stručnu pomoć crkvi i vernicima, prosvetna i omladinska.